Élise Filotas s’intéresse aux systèmes complexes socio-écologiques. Elle applique les concepts de la complexité et ses méthodes d’analyse pour comprendre les écosystèmes et leurs interactions avec l’homme en vue de permettre une gestion durable de leurs ressources. En particulier, elle explore de nouvelles stratégies d’aménagement de la forêt pour y intégrer l’incertitude liée aux perturbations naturelles dans la perspective des changements globaux. Elle s’intéresse aussi à comprendre la structure et le fonctionnement des communautés écologiques en étudiant les interactions entre les espèces et avec leur environnement dans un contexte spatial. Elle travaille avec des modèles analytiques et informatiques (modèle explicitement spatial, orienté-individus, et réseau complexe spatial) pour évaluer ses hypothèses et simuler la dynamique d’écosystèmes soumis à des conditions ou des stratégies d’aménagement futures.